Der VAFB gründete sich als ein Aktionsbündnis nach der Wende am 28. März 1990. Ausgangspunkt war der Plan angesehener Agrarwissenschaftler der Zwätzener Forschungs- und Beratungseinrichtungen der Akademie der Landwirtschaftswissenschaften der DDR (AdL), die Interessen der Thüringer agrarwissenschaftlichen Einrichtungen während der allgemeinen Umbruchsituation gemeinsam und abgestimmt zu vertreten.

Lange bevor die rechtlichen Voraussetzungen zur Gründung des eingetragenen Vereins geschaffen waren, traten viele Wissenschaftler dem Verband bei und wirkten in den dortigen Arbeitsgruppen und Kommissionen mit. Unzählige Veranstaltungen des Verbandes für die landwirtschaftliche Praxis signalisierten, dass die beteiligten Wissenschaftler sich des Umbruches der landwirtschaftlichen Strukturen annahmen, mit dem erklärten Willen, die Praxis wirkungsvoll und schnell zu unterstützen. Der VAFB Thüringen e.V. bündelte somit die Aktivitäten für eine Neuorientierung der Agrarwissenschaften, um von da an uneingeschränkt und ohne politische Vorgaben das umzusetzen, wovon die Fachleute überzeugt waren.

Im Laufe der Verbandsgeschichte wurden seit den 90er Jahren viele Forschungsprojekte im agrarwissenschaftlichen Sektor erfolgreich umgesetzt und damit das Ziel des Verbandes, Wissenschaft mit Praxis zu verbinden, erreicht.